Создание водозаборов подземных вод сопровождается обустройством зон санитарной охраны (ЗСО). Зона I имеет фиксированные размеры. Границы Зон II-III устанавливаются на основе расчетов. Ими являются изохроны обеспечивающие непопадание в водозабор микробиологического и химического загрязнения соответственно.
Методы, которые используются для расчетного обоснования границ ЗСО, можно подразделить на аналитические, численно-аналитические и численные. Наиболее просты в использовании аналитические методы. Однако использование их ограничивается простыми условиями.

Более универсальными являются численно-аналитические и численные методы.
В случае недостаточной изученности фильтрационных и миграционных параметров целесообразно использовать вероятностное моделирование. В сложных гидрогеологических условиях ЗСО имеют пространственное строение, причем наиболее жесткие водоохранные меры должны быть в пределах наименее защищенного первого от поверхности горизонта.

Разработанная в НИИ ВОДГЕО программа "ZONE" позволяет рассчитывать границы поясов ЗСО на основе численного интегрирования системы уравнений.